SRAS

Nature volume 592, pages 277-282 (2021)Citer cet article

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La protéine de pointe du coronavirus 2 (SARS-CoV-2) du syndrome respiratoire aigu sévère est essentielle à l’infection virale grâce à l’engagement de la protéine ACE2 humaine1 et constitue une cible majeure des anticorps. Nous montrons ici qu'une infection chronique par le SRAS-CoV-2 entraîne une évolution virale et une sensibilité réduite aux anticorps neutralisants chez un individu immunodéprimé traité avec du plasma de convalescence, en générant des séquences ultra-profondes du génome entier pendant 23 points temporels s'étendant sur 101 jours et en utilisant techniques in vitro pour caractériser les mutations révélées par séquençage. Il y a eu peu de changement dans la structure globale de la population virale après deux cures de remdesivir au cours des 57 premiers jours. Cependant, après une thérapie plasmatique de convalescence, nous avons observé des changements dynamiques importants dans la population virale, avec l'émergence d'une souche virale dominante contenant une substitution (D796H) dans la sous-unité S2 et une délétion (ΔH69/ΔV70) dans la sous-unité S1 N-. domaine terminal de la protéine de pointe. À mesure que les anticorps sériques transférés passivement diminuaient, la fréquence des virus avec le génotype d'évasion a diminué, avant de revenir au cours d'un traitement final et infructueux par plasma de convalescence. In vitro, le double mutant de pointe portant à la fois ΔH69/ΔV70 et D796H a conféré une sensibilité légèrement réduite au plasma de convalescence, tout en maintenant des niveaux d'infectivité similaires à ceux du virus de type sauvage. Le mutant de substitution de pointe D796H a semblé être le principal contributeur à la diminution. sensibilité aux anticorps neutralisants, mais cette mutation a entraîné un défaut d'infectiosité. Le mutant ΔH69/ΔV70 de suppression de pointe avait un niveau d'infectivité deux fois plus élevé que le SARS-CoV-2 de type sauvage, compensant peut-être l'infectiosité réduite de la mutation D796H. Ces données révèlent une forte sélection sur le SRAS-CoV-2 au cours d'une thérapie plasmatique de convalescence, qui est associée à l'émergence de variantes virales qui montrent des preuves d'une sensibilité réduite aux anticorps neutralisants chez les individus immunodéprimés.

Un homme septuagénaire a été admis dans un hôpital tertiaire à l'été 2020 et avait été testé positif au SRAS-CoV-2 par PCR quantitative à transcription inverse (RT-qPCR) 35 jours auparavant lors d'un prélèvement nasopharyngé (jour 1) dans un hôpital local. (Données étendues, figures 1, 2). Ses antécédents médicaux comprenaient un lymphome marginal à cellules B diagnostiqué en 2012, avec une chimiothérapie antérieure comprenant de la vincristine, de la prednisolone, du cyclophosphamide et une déplétion des cellules B anti-CD20 avec le rituximab. Il est probable que la chimiothérapie et le lymphome sous-jacent aient contribué à l'immunodéficience combinée des cellules B et T (données étendues, figures 2, 3 et tableau supplémentaire 1). La tomodensitométrie de la poitrine a montré des anomalies généralisées compatibles avec une pneumonie associée à la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) (Fig. 1 supplémentaire). Le traitement comprenait deux cures de remdesivir de 10 jours avec un intervalle de 5 jours entre les deux (Extended Data Fig. 1). Deux unités de plasma de convalescence ont été administrées aux jours 63 et 65 (Extended Data Fig. 3). Après une détérioration clinique, du remdesivir et une unité de plasma de convalescence ont été administrés au jour 95, mais l'individu est décédé au jour 102 (Note complémentaire).

La plupart des échantillons étaient des échantillons respiratoires provenant du nez et de la gorge ou des aspirations endotrachéales pendant la période d'intubation (Tableau supplémentaire 3). Les valeurs du seuil de cycle (Ct) variaient de 16 à 34 et les 23 échantillons respiratoires ont été séquencés avec succès par une approche standard de séquençage d'une seule molécule conformément au protocole ARTIC mis en œuvre par The COVID-19 Genomics UK (COG-UK ; https://www .cogconsortium.uk/) Consortium ; Parmi ces échantillons, 20 ont en outre subi un séquençage profond à lecture courte à l'aide de la plateforme Illumina (Tableau supplémentaire 4). Il y avait un accord général entre les deux méthodes (Extended Data Fig. 4). Cependant, en raison de la fiabilité plus élevée d’Illumina pour les variantes basse fréquence, celui-ci a été utilisé pour l’analyse formelle2,3. De plus, l'amplification d'un génome unique et le séquençage de la pointe à l'aide d'ARN extrait d'échantillons respiratoires ont été utilisés comme méthode indépendante pour détecter les mutations observées (Extended Data Fig. 4). Enfin, nous n'avons détecté aucune preuve de recombinaison, sur la base de deux méthodes indépendantes (données non présentées).